O Laboratório São Marcos possui um programa de gestão da qualidade que gerência todos os processos e está filiado ao PNCQ (Programa Nacional de Controle da Qualidade) que oferece ao Laboratório controle interno e externo.
Todos os procedimentos são monitorados diariamente, conforme normas estabelecidas atendendo os limites desvio padrão, coeficiente de variação, utilizando materiais de controle com três níveis, duplo cego e dupla observação.